2013年黨的十八屆三中全會召開后，清華和北大主動請纓，希望在國家深化教育領域綜合改革中先行探索。方案內容涉及完善大學治理結構，在辦學自主權、人才培養等各項政策上尋求突破。

　　2014年7月，國家教育體制改革領導小組第十一次會議原則同意清華、北大和上海市“兩校一市”的綜合改革方案，要求根據會議討論情況進一步完善。

　　自從“兩校一市”綜改消息透露后，浙江大學、上海交通大學和中南大學等高校紛紛向有關部門請纓，部分高校還在第一時間遞送了改革方案。

　　2014年10月31日，國家教育體制改革領導小組辦公室下發關于同意《清華大學綜合改革方案》備案的函，這標志著清華大學《綜改方案》正式經國家批準，開始進入全面實施階段。

　　2014年12月1日，國家教育體制改革領導小組辦公室正式批準《北京大學綜合改革方案》全面實施。這意味著，北大全面啟動綜合改革。

　　2014年12月30日，上海交通大學宣布，其綜合改革方案得到國家教改辦的批準，這標志著上海交通大學綜合改革方案正式啟動、全面實施。

　　2015年8月，習近平主持召開中央全面深化改革領導小組第十五次會議，通過推進建設世界一流大學方案。會議強調推動一批高水平大學和學科進入世界一流行列或前列，提升我國高等教育綜合實力和國際競爭力，培養一流人才，產出一流成果。

　　2015年11月5日，中國政府網全文公布《統籌推進世界一流大學和一流學科建設總體方案》，提出要推動一批高水平大學和學科進入世界一流行列或前列，2016年開始新一輪建設。